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スーパーコンピュータ

「バイオ」というと、みなさんは何を想像しますか? 動物や植物を生育させたり、大腸菌を培養したりですか? それももちろん「バイオ」です。

でも、今、コンピュータの中でバイオ研究を行う分野が注目を集めています。試験管などで実験を行う「ウエット」な研究に対して、「ドライ」な研究とも呼ばれています。

今、バイオの研究分野では、ゲノムの配列情報や、タンパク質の立体構造情報など、大量の情報が出力され、世界で共有されています。「バイオインフォマティクス」という研究分野は、その名前の通り、バイオ(生物学)とインフォマティクス(情報科学)が融合した研究分野で、インターネットやコンピュータを使って、そのような膨大なデータの中から、いかにして重要な情報を探し当てるかという研究をしています。「生体分子シミュレーション」は、DNAやタンパク質といった生体分子の機能や構造のあり方を、コンピュータの中で、バーチャル(人工的)にシミュレーションする研究分野です。

右の写真は、平成22年12月に新しく導入されたスーパーコンピュータCrayXE6です。

2000年くらいまでは、スーパーコンピュータというとひとつのCPUが高速なものをさしていました(ベクトル型計算機といいます)。しかし、それ以降CPUの高速化に限界が生じたこと、価格が高すぎること、などの理由から、多数の比較的安価なCPUを数多くつないで、ひとつの計算を分担して行う、並列計算機が主流になりました。しかし問題は、ひとつの計算を分担して行うという作業に多くの難しさがあることです。

そのような並列計算機として、現在最も優れていると言われているもののひとつが、今回導入したCrayXE6です。このシステムは、4320個の計算コアからなり、36.2TFLOPSの性能を持ちます。CrayXE6システムの導入により、タンパク質の立体構造の情報解析など様々なバイオ研究分野の分析が促進されると期待されています。

このように鶴見キャンパスでは、インターネットやスーパーコンピュータをバイオ研究に最大限に生かすような最先端の研究を行っています。